xinitrcに下記のように追加したら普通に動いた。

export XMODIFIERS=@im=uim
export GTK_IM_MODULE=uim
uim-toolbar-gtk3 &
wmaker


Emacsでは.emacs.d/init.elに下記を追加で無事日本語入力できました。

(require 'mozc)
(set-language-environment "Japanese")
(setq default-input-method "japanese-mozc")