なんとなくこんなのが欲しかった

# filecheck.sh /etc
4 33c2a4bda46c7cee498bb660084492dd *./mke2fs.conf
4 2c6f89fdb09aeac5735144497a261782 *./sysctl.conf
4 52417f6dfdf4444dd00691e149e0f7ea *./aliases
4 e5e12910bf011222160404d7bdb824f2 *./cron.hourly/.placeholder
4 bef7187bc7be3830f50ac50727897840 *./gai.conf
4 a3bf31c342259da5092e5dc24bd42704 *./adjtime
4 d6b276695157bde06a56ba1b2bc53670 *./python2.6/sitecustomize.py
4 68df2d938e71f2723c42fce528070682 *./discover-modprobe.conf
4 2a65180444b20c650884fbbbcf61ba2a *./apt/sources.list
4 cb46a4e03f8c592ee9f56c948c14ea4e *./apt/apt.conf.d/00CDMountPoint
4 133aafb01e900b05e75042fd47dec067 *./javascript-common/javascript-common.conf
4 bae06584e4d4f038b713502f12966307 *./cron.daily/man-db
16 49835cbcfa6a9d9259f1724fe2a32b86 *./cron.daily/apt

単純にmd5sumの頭にファイルサイズを付けたものです。

filecheck.sh追記しました

追記

この書式だとmd5sumで直接checkできないので少しいじってみた。
次のような感じに出力されます。

# ./filecheck.sh /etc/
: 4 33c2a4bda46c7cee498bb660084492dd /etc/mke2fs.conf
33c2a4bda46c7cee498bb660084492dd *./mke2fs.conf
: 4 2c6f89fdb09aeac5735144497a261782 /etc/sysctl.conf
2c6f89fdb09aeac5735144497a261782 *./sysctl.conf
: 4 52417f6dfdf4444dd00691e149e0f7ea /etc/aliases
52417f6dfdf4444dd00691e149e0f7ea *./aliases
: 4 e5e12910bf011222160404d7bdb824f2 /etc/cron.hourly/.placeholder
e5e12910bf011222160404d7bdb824f2 *./cron.hourly/.placeholder
: 4 a3bf31c342259da5092e5dc24bd42704 /etc/adjtime
a3bf31c342259da5092e5dc24bd42704 *./adjtime
: 4 d6b276695157bde06a56ba1b2bc53670 /etc/python2.6/sitecustomize.py
d6b276695157bde06a56ba1b2bc53670 *./python2.6/sitecustomize.py

これならmd5sum -cコマンドを使って直接チェックが可能です。
filecheck2.sh